Newick Graph Model¶

Short Name: NWK¶

Extensions¶

Newick_graph_file(*.nwk)
Text/Compressed_Text_Files(*.txt;*.txt.gz)
Text_Files(*.txt)
Compressed_Text_Files(*.txt.gz)
Compressed_Files(*.bz2;*.gz)
Archive_Files(*.7z;*.7zip;*.rar;*.rvz;*.tar;*.tar.bz2;*.tar.gz;*.tgz;*.zip;*.zipx)

Description¶

Newick est un format utilisé en biologie et génétique pour décrire les relations phylogénétiques entre espèces ou taxons biologiques (clades). https://evolution.genetics.washington.edu/phylip/newicktree.html

Le reader Newick génère le graphe orienté correspondant à ces relations en produisant deux types d'entités Node et Edge.

Les types d'entités du Reader Newick

Les fonctionnalités du reader Newick peuvent s'enrichir en fonction des besoins des utilisateurs, n'hésitez pas à contacter support@veremes.com pour faire part de vos cas d'utilisation.

Paramètres¶

Dataset : Un document Newick ou une archive contenant un document Newick.
Character encoding : Type d'encodage du document. UTF-8 par défaut.

Types d'entitéss¶

Node¶

Les éléments décrits dans le document Newick ressortent via le type d'entité Node avec deux attributs.

node_id : Identifiant du noeud. Il s'agit d'un entier attribué arbitrairement à l'élément.
qualifier : Nom du groupe phylogénétique et/ou longueur de la branche (préfixée par le caractère :)

Edge¶

Les relations décrites dans le document Newick ressortent via le type d'entité Edge avec trois attributs.

edge_id : Identifiant de l'arc. Il s'agit d'un entier attribué arbitrairement à la relation.
from_node : Identifiant du noeud (groupe phylogénétique) parent.
to_node : Identifiant du noeud (groupe phylogénétique) enfant.

Licence¶

Bien que faisant partie de la suite "GraphBuilder pour FME" et bénéficiant de la maintenance du produit par Veremes, le reader Newick est distribué sous licence libre. Il peut être utilisé gratuitement pour tous usages, y compris commerciaux et son code source est librement éditable sous FME Workbench. cf. Licence d'utilisation de GraphBuilder pour FME